آرمان تحول خواهی در حوزه علمیه فقط در ابعاد علمی خلاصه نمی شود بلکه ضرورتی است که باید در همه ی زمینه ها به وجود آیدT از جمله رشد روز افزون در مسائل اجتماعیT فرهنگی و سیاسی. حتی تهذیب و اخلاق طلاب از این قاعده مستثنی نیست و نیاز به پیشرفت دارد. اما در بین زمینه های مختلف، اهمیت مسأله ی دشمن شناسی جامعه ی طلاب، اگر بیشتر از سایرین نباشد، کمتر نخواهد بود. حضرت آقا در اولین دیدار خود با روحانیون که به مراسم بیعت طلاب و روحانیون مشهور است، قوام حوزه را بر سه عنصر می دانند که اگر هرکدام از این عناصر نباشد، قاعده حوزه متزلزل خواهد شد و می فرمایند:

عنصر اول، فقه؛ عنصر دوم، تهذیب و عنصر سوم، آگاهی سیاسی است. آگاهی سیاسی به مثابه‌ی چشمی است که اگر نداشته باشیم، آن دو عنصر دیگر در حرکت به ما کمک نخواهند کرد. باید سه عنصر اصلی قاعده را حفظ کرد. البته حوزه‌ی علمیه باید یکپارچه باشد و از برخی تشنجات که در گوشه و کنار وجود دارد، بری و برکنار بماند. (۲۲/ ۳/ ۱۳۶۸)

حوزه علمیه یک پایگاه و سیستم تمام دینی است که تمام هدفش رواج فرهنگ دینداری و تعمیق دین می باشد، اما در کنار این فعالیت ها دشمنی دارد که هر روز هوشیارتر و با حیله های مختلف، قوی تر از قبل عمل می کند. غفلت از دشمن و روش های او، مانند آماده سازی گردانی است که دیده بانی در مقابل دشمن ندارد و هر لحظه ممکن است ضربه های سخت و جبران ناپذیری را دریافت کند. غفلت از دشمن تمام زحمت ها را نقش بر آب می کند. پاد زهر حیله های دشمن، هوشیاری بیش از پیش حوزه در بصیرت و موضع گیری های مدام و به جاست. موضع گیری های مقطعی باری از دوش دین و انقلاب برنخواهد داشت بلکه عدم هوشیاری به موقع، باری بر مشکلات اضافه می کند.

حوزه علاوه بر حرکت به سمت آرمان های خویش، باید حرکت های دشمن و افکار پلید وی را پیش بینی و رصد کند تا سر بزنگاه، مکر او را خنثی و ضربه ای محکم بر او وارد سازد و غافلگیر نشود. پاسبانان شریعت را غفلت سزاوار نیست. غالب موارد، اگر موضع گیری به موقع نباشد، تفاوتی با نبود آن ندارد. همچنین امروزه، اهمیت موضع گیری صحیح بیش از پیش است، زیرا شرایط حساس تری را تجربه می کنیم و به تعبیر رهبر انقلاب در پیچ بزرگ تاریخی هستیم. اشتباه هرچند غیرعمدی باشد، خطایی است که جبران آن باعث عقب ماندن انقلاب و حوزه خواهد شد.

این روزها، سالروز ایام الله دهه ی فجر است که برگی زرین در تاریخ ایران به حساب می آید و یادآور خاطرات شیرین و تلخ برای حوزه ی علمیه است. جانفشانی روحانیون و رهبری آنها، در حماسه ی انقلاب اسلامی شادی خاصی را به ذهن می آورد ولی در کنار این شادی، موضع گیری های أسف بار برخی بزرگان حوزه در آن زمان، هرچند قطره ای در مقابل دریاست، اما شیرینی آن خاطرات را کاهش می دهد. سخنانی که اگر نبود، سرعت انقلاب بیشتر و جاده ی انقلاب هموارتر می گشت. سخنرانی هایی که باعث گمراهی عده ای و موجب تفرقه در بین انقلابیون شد. مرور این خاطرات تلخ، چراغ راهی برای آینده ی حوزه در زمینه ی مسائل سیاسی است. رهبری در دیدار نخبگان حوزوی می فرمایند:

«آخرین نکته‌ای هم که من اینجا یادداشت کرده‌ام عرض کنم این است که، اگر ما به دین و تعمیق دین و ترویج دین و گسترش دینداری اهمیت می دهیم، باید دشمنِ این رویکرد را بشناسیم. کیست آن جایگاه و آن قدرتی که امروز از گسترش دین و تعمیق دینداری بیمناک است و با آن دشمن است؟ این نقطه عبارت است از استکبار، که در رأسش آمریکا و فعالترینش صهیونیستها هستند؛ هم شبکه‌ی صهیونیستی، هم دولت جعلی صهیونیستی؛ اینها دشمن دینداری‌اند … حوزه در مقابل استکبار نمی تواند ساکت بماند؛ این را من عرض بکنم. حوزه در مقابل استکبار همیشه باید موضع داشته باشد.
از مهمترین نمونه‌های بصیرت این است که ببینیم کدام کار ممکن است از ما سر بزند که این کمک به آن دشمن باشد؛ حواسمان باشد. بزرگان و کوچکان حوزه فرق نمی کند، همه باید مواظب باشند. گاهی یک حرف، یک عمل، یک اقدام، یک حرکت به نفع آن دشمن است. ما به این قصد انجام نمی دهیم، اما بعضی از چیزها تابع قصد نیست؛ اثر خودش را می بخشد. وقتی تیری از لوله‌ی تفنگ شلیک شد و به سینه طرف خورد، خب، طرف می‌افتد می میرد؛ حالا شما چه عامد باشید، چه مخطئ فرق نمی کند. تأثیر این تیر در سینه‌ی او متوقف به این نیست که شما عمد داشته باشید. باید مواظب باشید خطا نکنید. در یک چنین چیزی برای خطاکننده هم مجازات قرار داده‌اند. بنابراین باید مراقب بود کمک نشود. علاوه بر اینکه کمک نشود، بایستی با آن مبارزه شود.» (بیانات در دیدار جمعی از اساتید و فضلا و طلاب نخبه‌ی حوزه علمیه قم، ۰۲/ ۰۸/ ۱۳۸۹)